Ghost in the Shell: Stand alone complex kertoo osasto-9 seikkailusta, joissa Motoko (Majuri),Batou,Togusa ja moni muu
ratkovat ongelmia,nappaavat rikollisia ja hakkereita. Yleensä
jaksoissa on oma juoni, mutta on siinä jaksoja joissa on sama juoni esimerkiksi:Naurava mies.